09.电站(Enpro Plant)
Bravo小队在搜寻中与怪物发生激战，流弹引发爆炸导致反应堆2号冷却棒受损，如不即时修复冷却棒可能会有更大麻烦。Kelly来电通知你Bravo小队已全灭，你是大家唯一的希望了。前进途中激活一只机器人，跟着这小家伙来到控制室里启动管道检查程序，右侧台子上还蠵DA。继续跟着机器人在黑暗中穿行，它的灯光和机枪会给你极大帮助，机器人停住点附近的升降平台坏了，从走道另一头的梯子爬上去，进控制室会目睹女工人员化身为悬浮骷髅头，消灭它们后开启安全门和工作梯，从台子上的PDA里获悉旁边63号储藏柜密码为972，打开即可获得等离子枪。出门干掉更多骷髅头后从搭建的平桥上过去，来到反应堆旁沿着天桥走，开始有扇门无法打开，继续前行乘升降平台下去。几经战斗后终于赶到正在熊熊燃烧的冷却棒旁，到控制室里按下按键更换冷却棒，从旁边的闭路监视器上看到Swann二人正在寻找乘坐军用运输车的钥匙卡。沿原路返回第1座反应堆处，刚才打不开的门现在开了，进去由暗道来到等离子控制室，最后下到等离子仓库，从那些桶中间穿过去，出来之后会遇到一名海军陆战队员，这位战友把运输车钥匙卡交给你后就牺牲了。仔细在红灯闪烁的地方寻找可发现PDA，从中获悉等离子仓库的密码是734。附近有扇密封气门，开启后前往交通站。
10.转运站(Communications Transfer)
打开密封门后暴露在火星大气中，迅速跑到对面大门，真正的入口在右侧巷道中，如果氧气不够可拾取大门旁的气瓶。进去后Kelly来电要你尽快赶到通讯站，与群敌激战后从管线通道爬进去，里面说不出的阴森恐怖。从铁梯再次爬出气密门，下面有大量蜘蛛怪，你必须赶在氧气耗尽前冲到另一头的升降平台逃上去。经过运输车道后来到堆有很多箱子的地方，旁边小房子里可获得链锯和新PDA，大量手持链锯的僵尸也会现身。有了PDA即可进对面的门，里面尽头的电梯电力不足，从过道中另一扇门出去，穿过燃烧的地板再从梯子爬上去，现在要开启服务电梯抵达上层控制室，但必须先搞到启动小平台的PDA。从平台控制器左边门进去，在一片狼藉的走道里边战边走，在右端门外可获得PDA。从附近的2号控制器召来移动小平台，上去后用手动控制让小平台行驶到1号和2号控制器之间的岔道口，途中会有悬浮巨脑魔截击。在这里按上升键来到2楼，很快就可在附近找到打开服务电梯的触摸屏。下来乘小平台直接开往3号控制器，进去后有扇门前地板会下陷，下面有个法宝可在短时间内提高你的移动速度和肉搏攻击力量，利用它徒手轻松收拾附近的怪物。打开气密门又来到外面，不要与发射火箭的巨脑魔缠斗，加速冲向对面，气密门入口在大门左侧。
11.通讯站(Communications)
Kelly催促你尽快找到通讯主控室，将火星上发生的灾难报告给行星轨道舰队。出气密门后乘电梯径直来到3楼，在中央控制台触摸屏上开启通讯室入口，单轨天桥门还无法开启。消灭出现的怪物后从标有Communications的门进去，当心前面有个持枪敌人还拿有防弹盾，几番厮杀后终于来到通讯主控室，但Kelly告诉你由于Swann等人的愚蠢错误，主通讯系统动力不足，无法正常运作，只有赶到卫星控制中心去发送消息了。拿到操纵台上的PDA后从进来的门离开，上台阶后通向工程区的那扇门现在可以打开了，进去接受一顿前后夹击的欢迎后乘升降平台下去，继续杀开一条血路前进。有伸缩液压杆来回运作的地方要低身钻过去，找到升降平台后上去，途中有扇门前可拾到新PDA。先进对面标有Security Unit K8的门，查看刚才得到的PDA，用密码246打开54号储藏柜，最后按控制台上的触摸屏启动一只小机器人。跟着这位“小强”一路耀武扬威前进，等小家伙收工时你已站在了通向卫星控制中心的电梯门前。进电梯后Kelly警告你Swann等人可能就在附近，出门得到新PDA，自己的通行证级别也再次提升。很快来到卫星控制中心，正当你要向舰队发送加密信息时，Swann出现在屏幕上企图说服你暂不要向外界透露这里发生的一切，触摸屏上会出现是否发送信息的选择，由玩家自己决定。无论是否发送，下一步都要赶到德尔塔试验室区去。沿原路返回3楼中央控制台，单轨天桥入口此时已打开。
12.单轨天桥(Monorail Skybridge)
刚出来眼前的天桥就发生坍塌，沿着残骸跳到地面，赶在氧气耗尽前冲进右侧气密门。前面又出现了发射火箭的骷髅怪，各位只管见怪杀怪见门开门，乘电梯下到底层后仍然是一条单线往前走，途中伏兵多如牛毛不需多说。系统告知排污泵发生故障，必须找到控制台解决问题。于是找到控制台开启维修梯，同时拿取旁边的PDA和光碟，然后从右边放下的维修梯爬上去。从控制室窗口跳到排污泵的管子上，走右边那根到对面平台上启动紧急关闭程序，下面堆积的有毒污物很快全部排光。通过后进水泵右侧那扇门，没走多久就进入一段岩洞，里面还有很多蜘蛛怪。接着闯到一处积有大量污物的地方，踩着石板跳到右边入口进门，在门内不远处台子上可发现新PDA，走到左边取得火箭发射器。从左边门出去，打开气密门后先解决天桥上的火箭怪，然后杀进右侧小屋，借助箱子堆跳上屋顶天桥，天桥尽头有扇气密门可供逃生。
13.循环处理2区(Recycling-Sector 2)
出气密门进对面控制室，拿取台上PDA后按下主泵重启键，屏幕上突然出现Betruger博士，他声称自己找到了新的信仰，还要将整个地球也带入地狱，并威胁你，说再怎么警告都来不及了，之后又是一场混战。借助伸缩的液压臂跳上天桥，附近一扇门里有弹??钩浜笞吡硪簧让爬肟??飞?03号储藏箱密码为483。Betruger博士丧心病狂地启动了毒气排放程序，必须尽快找到空气净化系统控制台。拐入旁边通道进入地下管道室，先找到一处天桥上的触摸屏排走下面通道内的毒气，然后即可穿过通道，从另一头出来后会遭遇童首蜂身的新怪物童天使，乘升降平台下到荒地，还会撞上双手均为火箭发射器的象鼻怪。杀死它们后从天桥上的门进去，突然空气中毒气浓度大增，你必须赶在生命值耗尽前按下走廊上3个触摸屏开关阻止毒气继续排入。拿取走道尽头处的PDA后出门，你发现自己又回到了003号储藏箱里，不过这时通向单轨火车的传送舱门已能打开。
14.单轨电车(Monorail)
Betruger偷袭军士长Kelly得手并对其进行改造，这边主人公也来到了单轨电车站。先在站台上转转，拿到PDA和弹药补给后上车出发。这时车厢里冒出另一位幸存者Ryan，他告诉你自己的同伴前去打探情况却有去无回。单轨车在SITE 2站台停下，前方气密门发生故障挡住了去路。进站台大门迎战群敌，敌人中多了一种右手持鞭的僵尸。先在附近找到一张PDA，然后到楼上控制室里拿取另一张PDA，调查两份PDA后用密码826手动开启轨道气密门，旁边的054号储藏柜密码是142。杀回单轨电车上继续前进，眼看来到德尔塔试验室区突然电车倾覆。离开燃烧残骸，由旁边铁梯爬上站台，从右侧不远处门进去，绕到后面的小站台上2楼值班室拿取PDA，漆黑的走廊里Betruger发出恶狠狠的命令，让手下妖怪消灭你，但它们哪里是你的对手。过天桥后要小心，启动的自动机关炮会横扫一切，冲入对面办公室中等它消灭附近出现的怪物后再将其关闭。隔壁并列两座储藏柜的密码都是364，拿取补给后从自动机关炮后面的传送舱离开。
15.德尔塔试验室1区(Delta Labs-Sector 1)
来到德尔塔试验室第1层，这里也是一片狼藉，首先得恢复动力电源。从尸体堆中拾取PDA，从安全门前右侧的玻璃窗跳进去，来到主控台上按触摸屏后发现还需要数据传输器才能启动系统。往回走，从崩开的地板漏洞下去，出来后来到主大厅，在有一大滩血渍的地方从一具尸体上获得数据传输器，返回主控台完成第1步，接下来要赶往反应堆控制室。再到发现数据传输器的地方，右侧门里可得到补给。从左侧门出去，一路杀到堆放箱子的仓库中，身后扑出的怪物会打开一条暗道。钻进去来到小货仓，用密码298打开210号储藏柜。然后到2号隧道，在隧道尽头有条路通向反应堆维修室。坐升降平台下来再走一段就到了反应堆，爬上铁梯后直接进对面的门，左拐即可抵达控制室，启动电源后从隔壁梯子上楼，爬到最高层后到反应堆叶片前可找到新PDA。回到反应堆控制室，用PDA打开背后那扇门，经过多次上上下下最终回到发现数据传输器处，回主大厅乘坐电梯前往第2层。
16.德尔塔试验室2A区 (Delta Labs-Sector 2A)
离开电梯后绕行回廊来到主大厅，左边门通向厕所，乘右边电梯上到2楼资料室，在办公桌上可得到新PDA。穿过走廊进正对面标有Sector 4的门，从烟雾缭绕的过道里跳过几个箱子后来到传送测试室，幸存的科学家McCormick告诉你，Betruger博士企图利用上古时代的神秘古物作祟，但附近所有通道都被爆炸阻塞，只能利用物质传送仪通过，而启动物质传送仪必须先找到等离子电池。返回走廊发现两侧的门现在都能通行了，先进标有Operations的Sector 2号门，走右边来到有很多办公间的地方，从打碎的玻璃窗钻入一间办公室得到新PDA，内有打开112号储藏柜的密码538。办公区尽头的安全门无法打开，返回走廊再进对面标有Bio Labs的Sector 3号门，进去后看到右边屋内毒气四溢，走左边一路杀到墙上有九宫格存储柜的地方，按操纵台上的3键，机械臂会将3号柜取下，然后再按3键并迅速跳到3号柜上，机械臂会把你和存储柜一起抬到空中，这样你才能跳到旁边墙的缘架上。钻入缘架上的通道来到安全区，调查此前得到的安全主任Michael Abrams的PDA，听工作报告获悉他办公室开门密码为901，再看电子邮件得知，由于按键故障，0已经被更改为3，用931进入他的办公室后得到本作绝世神兵BFG9000。继续前进到办公室，调查左边台子上的电脑获悉116号储藏柜密码为972，接着按右边桌上的电脑，排走隔壁屋内毒气，然后进去操作电脑打开Sector 2区的所有门。再回Sector 2区果然发现所有办公室的门都开了，在第1间办公室里可拿到新PDA。进办公区尽头安全门来到标有SERVER的房间，进门后在右手看到的那个圆柱形东东就是等离子电池，旁边114号储藏柜密码是715。拿上电池回去找McCormick，对话后走左边门到传送台处，体验一下UAC最新的物质传送技术吧。
17.德尔塔试验室2B区(Delta Labs-Sector 2B)
离开传送台后在附近控制室里找到一把电子钥匙，用它可打开通向生化试验部的安全门，进去后在操纵台上打开2号仓库门，里面有医疗箱和部分弹药补给。再进4号仓库，在103号储藏柜附近得到新PDA，获悉密码为259。穿过血渍斑斑的中央通道乘?灯教ㄉ系?楼，从管线通道里爬到样本研究试验室，遇到正在研究僵尸的Michaels医生，他告诉你隔壁的216和217储藏箱密码是624。跳过一堆箱子后杀到控制中心，在样本室里走右边门可听到有人呼救，打开右侧的维修门到下面，但怪物还是先一步杀害了这名工作人员，拿上他的PDA返回地面。很快来到漆黑一片的样本运送轨附近，按操作屏启动样本罐运送程序，借着这点光跟随样本罐前进，沿途当然免不了战斗，来到控制间后用密码371打开213号储藏柜。穿门而过继续跟上样本罐来到升降平台前，这附近还有一个门可通向样本室。乘升降平台到2楼，杀到分析室后得到PDA和光碟，调查PDA得知那件上古时代的神秘古物灵魂盒(Soul Cube)竟然是一件武器，而此时分析台上的灵魂盒也早已不知去向。666号储藏柜上贴有一张纸条写着密码372，但小心里面可不是弹药。赶紧沿路追下去，从办公室里得到新PDA，用密码725打开07号仓库门，里面有个没有标号的储藏柜，密码为0508，柜子里有一把BFG9000。根据PDA中的提示，用密码463进入前往第3区的传送舱。
